在过去的50年中，水循环利用到我们的溪流，小河，河流，河口，海洋和湖泊的方式发生了巨大变化。废水处理已成为维持环境和人类安全与健康的基本要求。结果，每个在其废水中排放一些微污染物的市政和工业废水排放者都有责任确保有害物质的含量完全在规定范围内。
需氧物质，例如有机物和氨；
病原体
营养素；
无机和合成有机化学品，例如洗涤剂，药品等中的那些；
和热污染，即排放的水温度高于接收水的温度。
当涉及废水处理，特别是污水处理时，消毒的主要目标是去除禽，动物和人类粪便中的污染物。为了确保已从处理后的废水中充分去除了致病细菌，病毒和原生动物，当局依靠检测在人和动物肠道中是否存在某些细菌来进行检测。被称为“粪便指示细菌”（FIB）或简称为“指示生物”的细菌，其存在超过阈值限制表明存在大量致病微生物。几十年来，饮用水安全性测试仅依靠测量粪便大肠菌和粪便链球菌的存在。但是，这可能很快会改变。
2014年进行的一项研究估计，全球有将近18亿人的饮用水受到粪便污染3。部分原因是水的消毒不充分和不足；但是，更大的原因是现有FIB的测试不足。直到最近，测试饮用水中FIB的存在还涉及测量总大肠菌群，粪便大肠菌群和粪便链球菌的每毫升菌落形成单位（cfu / mL）。但是，EPA现在建议专门针对大肠杆菌和肠球菌进行额外的测试，以衡量饮用水的安全性4。但是，仍然存在几个问题：
大肠杆菌不能在肠道内存活很长时间，这使其在接近污染点或污染事件时的检测更加可靠。
可靠地测量大肠杆菌菌落是困难的，因为它很容易被其他粪便细菌所取代。
根据天气条件，自然可以在未受污染的样品中发现大肠杆菌。
有效地培养大肠菌群非常困难，导致错误的阴性测试结果。
肠球菌天然存在于土壤和沉积物中，因此难以准确解释测试结果。
当前的测试未捕获到贾第虫，隐孢子虫，霍乱弧菌和沙门氏菌等主要病原体；
低成本，简便和快速的测试是当局继续依赖大肠杆菌测试的主要原因。在这种混合物中添加肠球菌测试可大大提高对饮用水中粪便污染的准确识别。得克萨斯州和缅因州在这方面已采取了有意识的步骤，并选择使用肠球菌检测作为一种可靠的机制，以对废水排放到海洋或墨西哥湾时进行适当的消毒。随着诸如qPCR之类的新分子测试技术日益成为主流，全球标准可能很快改变，从而改善水安全性和公共卫生。
尽管我们知道氯和其他氧化剂可有效消除大部分细菌，但紫外线（UV）一直受到人们的欢迎和欢迎。紫外线可减少人体与危险化学物质的接触，并减少可能导致鱼类，哺乳动物，底栖大型无脊椎动物和其他敏感水生动物死亡的意外排放。自从最初使用氯气以来，该行业已经发展，现在我们已经证明，其他消毒方法对于消除这些不良因素（具有物料处理，混合或存储问题）可能具有重要价值。